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《幻影神奇宝贝的主谋》又名《幻影神奇宝贝的战栗》，英文全称是The Mastermind of Mirage Pokémon，是美国第一个神奇宝贝动画的特别篇，首次在2006年4月29日在Kids'WB电视台上映。是该片为庆祝宠物小精灵10周年所做，由美国WB(warner brother)华纳兄弟电影公司制作发行，目前有英语和日语两个版本。超世代時期的某天，小智收到藍頭髮的楊格(Yung)博士的研究城堡邀請函。原來這位博士致力研究基因，研發了神奇寶貝幻影系統，可以將已絕種的神奇寶貝給實像投影，摸起來跟真的一樣。而到了城堡看完了幻影系統的功能後，小智就和幻影神奇寶貝進行對戰。忽然幻影系統失靈，而幻影化石翼龍居然衝出來綁架了楊格博士！這時出現一位蒙上面具披上大衣的主謀者，自稱可以隨意操縱這個系統來製造毫無弱點的神奇寶貝們。在大木博士怒斥這位主謀者的陰謀時，夢夢出現了！到底這位主謀者的邪惡計畫是？夢夢的出現又會帶來什麼影響呢？而楊格博士的命運又會如何？