杜楚尼就读于格雷斯教堂学校和男子大学学校,两者都位于曼哈顿。他于 1982 年毕业于普林斯顿大学,获得英国文学学士学位。他是宪章俱乐部的成员,该俱乐部是此大学的饮食俱乐部之一。1982 年,他的诗歌获得了美国诗人学院颁发的大学奖荣誉奖。他的毕业论文的题目是《贝克特早期小说中纯粹理性的精神分裂症批判》。杜楚尼作为大学棒球队的得分后卫和中场打了一个赛季的初级大学篮球。
他在耶鲁大学获得英国文学硕士学位,随后开始攻读博士学位,但尚未完成。他未完成的博士论文的题目是《当代诗歌和散文中的魔法与技术》。在耶鲁大学,他是流行文学评论家哈罗德·布鲁姆(Harold Bloom)的学生。
杜楚尼于 1997 年 5 月 6 日与女演员塔萨·莱尼(Téa Leoni)结婚。1999 年 4 月,莱尼生下了一个女儿,名叫玛德莱恩·韦斯特·杜楚尼(Madelaine West Duchovny)。2002 年 6 月,他们的第二个孩子基德·米勒·杜楚尼(Kyd Miller Duchovny)出生。杜楚尼曾是素食主义者,截至 2007 年,他是一名鱼素主义者。
2008 年 8 月 28 日,杜楚尼宣布他已将自己送入康复机构治疗性成瘾。2008 年 10 月 15 日,杜楚尼和莱尼的代表发表声明,透露他们几个月前就分居了。一周后,杜楚尼的律师表示,他计划起诉《每日邮报》,因为该报刊登的一篇文章声称他在与莱尼结婚时与匈牙利网球教练艾迪·帕凯有染,杜楚尼否认了这一说法。2008 年 11 月 15 日,《每日邮报》撤回了他们的主张。重归于好后,杜楚尼和莱尼于 2011 年 6 月 29 日再次分手。